Mạc Thái Tông không phải là vị hoàng đế nhiều võ công nhưng giỏi về văn trị. Ông không có được những chiến công đánh dẹp hiển hách như vua cha Mạc Thái Tổ nhưng đã mang lại cuộc sống no ấm, yên ổn cho nhân dân Đại Việt, nhất là vùng Bắc Bộ sau nhiều năm loạn lạc, binh lửa cuối thời Lê sơ. Do sự trỗi dậy của các lực lượng ủng hộ nhà Hậu Lê, nền thái bình mà ông gây dựng không được kéo dài. Tuy nhiên, các lực lượng chống Mạc lúc đó chưa đủ mạnh, về cơ bản Mạc Thái Tông vẫn nắm quyền cai trị toàn quốc.

Những cảnh thịnh trị thời ông cai trị - khiến các sử sách của nhà Lê đối địch sau này cũng phải ghi nhận - là rất hiếm có trong lịch sử Việt Nam, ngay cả thời được coi là "hoàng kim" của chế độ phong kiến như Lê Thánh Tông cũng không thấy chép những cảnh tương tự. Điều đó được các nhà sử học hiện đại đánh giá rất cao.